其中層層環繞緊扣的線索和各陣營角色斗智斗勇的橋段都堪稱經典

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　　根据雜志圖公佈的信息顯示，榮獲最多票數的案件為高潮迭起的主線劇情“緋色篇”,日本持久液，有8489位讀者為這一章節貢獻了自己的選票。“緋色篇”的最大看點除了在於它是《柯南》裏難得一見的主線劇情外，還正式揭曉了赤丼秀一“死亡”的謎團，並讓安室透（波本）的真實身份得以曝光，其中層層環繞緊扣的線索和各陣營角色斗智斗勇的橋段都堪稱經典。
　　在找尋人魚墓的過程中，平次與和葉不慎滑落懸崖，好在平次牢牢抓住和葉的手避免了進一步下墜。為了保全平次的生命，和葉不惜扎傷了握住自己的那只手，而此時平次的一番真情告白更是感動了許多人。
　　經過這件事,新北市票貼，柯南在今後的辦案過程中改變了自己的推理風格，在揭穿犯案手段和線索的同時給兇手留下一條自首的路，避免類似的自殺行為再次出現。
　　雖然案件結尾鬧了一場烏龍，但是平次那句“你要對我的和葉做什麼”讓平和黨興奮不已，這可是歷史性的關鍵進展啊……
　　借助著《名偵探柯南》漫畫連載即將達到1000話這個契機，《少年SUNDAY》雜志舉辦了一場面向廣大讀者的投票活動，由各位粉絲選出心目中最著名的十大案件。目前投票結果已經出爐，斬獲頭籌的果然是與主線有關的那件事。
　　以柯南和平次兩位偵探為主角的“柯南與平次戀愛的暗號”憑借著3716票位列第七。圍繞著一樁毒品交易案件，柯南與平次通過電話默契配合，在這個過程中平次因為和葉的關係而無法集中精神推理，吃醋的樣子非常有趣。
　　描述新一和小蘭戀情的“福尒摩斯的默示錄”則以5474票居於第四名，對於廣大新蘭黨來說，這次的故事可謂是最值得慶賀的――倫敦大本鍾下，新一首次向小蘭正式告白，著實為讀者們發了一把糖。不過相比於結尾處這段高能劇情，案件本身的殺人魔反倒變得平淡了……
　　位列第二名的是描寫服部平次與遠山和葉戀情的“人魚篇”，票數為5835票。噹時遠山和葉在《柯南》裏屬於出場不久戲份不多的新角色，而她與平次之間的關係正是通過“人魚篇”得以確認的。
　　排在第三名的“月光奏鳴曲殺人事件”（共5742票）或許是令人最惋惜的一個案件了，這也給柯南的內心留下了難以磨滅的創傷,民間二胎。這場案件最重要的地方除了犯人男扮女裝行兇之外，他在熊熊燃燒的房子裏淡然彈奏《月光曲》的場景也刷新了《柯南》裏兇手慣有的殘暴形象。
　　和“福尒摩斯的默示錄”同樣描述角色戀情的“震動警視廳1200萬人質”位列其後，票數為5258。在這個案件裏，曾經因排爆失敗而不倖殉職的松田陣平警官首次登場,台中防水，雖然戲份不很多但成功征服了讀者的心。除此之外，人質事件讓高木警官和佐籐警官的關係進一步發展，柯南在電梯裏與高木的那段“臨終對話”同樣令人感觸頗深。
　　如果說上面的案件有些殘酷，那麼第六名的“櫻花班的回憶”（4626票）則非常治愈人心。這部分劇情的主角是正太新一和幼女小蘭，講述了兩人還在幼兒園時初次相遇的有趣故事，為新蘭黨注入了一劑強心針。話說回來，這次事件的犯人居然密謀著誘拐小蘭，難道他嫌活得太長了嗎……